События игры XCOM 2 происходят через 20 лет после произошедшего в первой части. Земля, которую вы здесь увидите, принимает абсолютно иной вид. Теперь, в результате капитуляции, которую подписали мировые лидеры перед вторжением пришельцев, организация XCOM стала единственной надеждой на спасение планеты от неминуемой гибели. Ранее организация ушла на покой, но теперь ее участникам придется снова проявить себя.
Вам предстоит лицом к лицу встретиться с миром, захваченным пришельцами. Люди либо перешли на их сторону, поддавшись обещаниям достатка и роскошной жизни, либо были убиты в следствии своего отказа поступить сходным образом. Теперь только живущие на окраинах люди остаются верными себе и продолжают стремиться к свободе. Лишь они могут сокрушить врагов, а вы — единственный, кто способен их возглавить.