Игра System Shock 2 переносит геймера на борт ультрасовременного корабля «Фон Брауна», который способен преодолевать скорость света. Этот корабль совершил невероятное достижение в истории человечества, поскольку впервые смог путешествовать к звездам. Однако во время выполнения задний был послан сигнал о помощи сектору Тау Кита V. Команда спасателей спешит помочь им. Добравшись до пункта назначения, спасатели не обнаружили ничьих следов и не смогли определить, кто послал сигнал. никто не знал одну очень важную вещь — возвращаясь, команда взяла кое-что с собой.
Игроку предстоит играть за сотрудника службы безопасности, который проснулся в криогенной камере и услышал истошные вопли боли и страха. Так, корабль превращается в опаснейшую ловушку и вам остается рассчитывать лишь на голос, который посылает вас к чудовищным тайнам, поджидающим в тени.